Soekarno mengenal Johannes Leimena sebagai sosok yang jujur.
Leimena pertama kali bersua Bung Karno saat merawat korban luka pertempuran Lengkong—pertempuran antara Tentara Keamanan Rakyat (TKR) melawan pasukan Jepang di Desa Lengkong, Tangerang Selatan—di rumah sakit Tangerang pada awal 1946.
Menurut Faisal Basri dan Haris Munandar di dalam buku Untuk Republik: Kisah-Kisah Teladan Kesederhanaan Tokoh Bangsa (2019), kunjungan Bung Karno ke Akademi Militer Tangerang mengantarkan Leimena ke kursi jabatan menteri di Kabinet Sjahrir II.
Tak lama, Leimena dipanggil Bung Karno ke Yogyakarta. Presiden Soekarno merekomendasikan Leimena kepada Perdana Menteri Sjahrir untuk menjabat Menteri Kesehatan.
Akan tetapi, Sjahrir tak mengangkatnya menjadi Menteri Kesehatan. Ia malah dijadikan menteri muda, mendampingi Menteri Kesehatan Darman Setiawan. Ada 16 menteri di Kabinet Sjahrir II (12 Maret 1946-2 Oktober 1946), dan 10 menteri muda.