Lembaga Eijkman banyak berkontribusi terhadap ilmu pengetahuan di Indonesia.
Pada 1886, seorang peneliti Belanda yang mengawali karier sebagai dokter militer Christiaan Eijkman, dikirim ke Hindia Belanda untuk membantu peneliti Winkler dan A.C. Pekelharing meneliti penyakit beri-beri yang tengah membuat porak-poranda. Eijkman sudah mengenal mereka, kala bergabung menjadi staf laboratorium Robert Koch di Berlin, Jerman.
Demi menunjang riset, pada 1888 pemerintah kolonial mendirikan Centraal Geneeskundig Laboratorium (Laboratorium Medis) di Groot Militair Hospitaal—sekarang RSPAD Gatot Subroto—di Weltevreden, Batavia. Eijkman yang lulusan Universitas Amsterdam kemudian ditunjuk sebagai direkturnya. Kerja Eijkman meneliti beri-beri berbuah manis.
“Eijkman membuahkan karya penelitian mengenai hubungan antara beri-beri dengan vitamin B1,” tulis M. Sahari Besari dalam Teknologi di Nusantara: 40 Abad Hambatan Inovasi (2008).