Berdasarkan hasil audit Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP) defisit BPJS Kesehatan pada 2018 mencapai Rp10,98 triliun.
Presiden Joko Widodo pun meminta BPJS Kesehatan untuk mengembangkan sistem manajemen yang lebih baik, agar rumah sakit memiliki kepastian pembayaran yang jelas. Jokowi mengajak seluruh pihak, dengan kemampuan yang dimiliki secara efektif dan efisien, untuk memastikan masyarakat mendapatkan akses pelayanan kesehatan secara penuh.
Presiden mengatakan, pemerintah sudah menggunakan dana cadangan dari APBN 2018 untuk menutup defisit Jaminan Kesehatan Nasional (JKN) sebesar Rp4,9 triliun. Namun, dana itu dinilai belum akan cukup menambal masalah keuangan BPJS Kesehatan yang defisit.