Perencanaan riset dan inovasi nasional di Indonesia yang sebelumnya bersifat bottom-up terdesentralisasi, kini tidak lagi mempunyai renstra
Pola sentralisasi dalam berbagai hal, seperti pengelolaan infrastruktur riset yang dilaksanakan dalam dunia riset dan inovasi seperti BRIN, cenderung telah membuat lenbaga riset ini mengulangi rezim pemerintahan Order Baru yang seharusnya sudah berakhir pada 1998.
Perencanaan riset dan inovasi nasional di Indonesia yang sebelumnya bersifat bottom-up terdesentralisasi, kini tidak lagi mempunyai renstra dan hanya menerima top down dari kedeputian dan semuanya bersifat tersentralisasi. Tidak heran jika pola bottom-up dan desentralisasi di lembaga riset dan inovasi nasional telah menjadi barang yang mahal harganya.
Hal tersebut sangat dirasakan oleh para aktor riset pemerintah. Yang kemudian memicu sejumlah masalah kelembagaan baru, khususnya menyangkut koordinasi, diskoneksi, dan tumpang tindih kegiatan di antara lembaga-lembaga kedeputian dan organisasi riset yang terkesan tidak punya program yang jelas.
Sebagai contoh, universitas sebagai lembaga pendidikan tetapi juga banyak diminta melakukan hilirisasi. BRIN yang harusnya banyak menjemput riset-riset hilir ke universitas, malah ikut-ikutan melakukan penelitian dasar dengan dana sangat kecil seperti di universitas. Sehingga sulit membedakan mana peran BRIN dan mana peran universitas. Dan Balitbang yang sebelum diintegrasikan fungsinya juga dianggap tidak efisiensi anggaran dan dipandang tidak mempunyai standar kinerja nasional bagi Lembaga Litbang Pemerintah.
Selain itu, integrasi di BRIN cenderung menyebabkan proses perencanaan, eksekusi, dan evaluasi kegiatan riset yang dilaksanakan dilakukan secara internal. Audit eksternal hanya terbatas pada audit keuangan yang dilakukan oleh Badan Pengawas Keuangan (BPK). Sedangkan audit substansi justru cenderung tidak serius dilakukan. Pasalnya, audit substansi bukan dilakukan oleh ahlinya, yakni organisasi profesi kepakaran yang perannya mengembangkan kepakaran.