Ada masalah jika BRIN mengintegrasikan litbang kementerian dan lembaga.
Sejumlah badan penelitian dan pengembangan (balitbang) kementerian dan lembaga (K/L) mengambil langkah, sebelum Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 33 Tahun 2021 tentang Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) diundangkan pada 28 April 2021.
Langkah itu dilakukan untuk mempertahankan unit kerja litbang, supaya tak terintegrasi dalam struktur organisasi BRIN. Salah satunya dilakukan Kementerian Ketenagakerjaan (Kemnaker), yang mengadakan perubahan struktur organisasi dua bulan sebelum Perpres BRIN diundangkan.
Selain ingin mengintegrasikan lembaga pemerintah nonkementerian (LPNK), seperti Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT), Badan Tenaga Nuklir Nasional (BATAN), dan Lembaga Penerbangan dan Antariksa Nasional (Lapan), BRIN juga akan mengintegrasikan litbang yang ada di kementerian dan lembaga (K/L).
Ada 48 litbang kementerian dan lembaga yang akan dilebur ke dalam BRIN. BRIN telah memberikan tiga opsi dalam melakukan integrasi litbang di kementerian dan lembaga, yakni transformasi kelembagaan total, parsial, dan jadi lembaga lain.
Kepala BRIN Laksana Tri Handoko menerangkan, integrasi litbang kementerian dan lembaga hanya beralih nomenklatur, beserta sumber daya ilmu pengetahuan dan teknologi (iptek), anggaran, program, dan aset.