Meskipun sekitar 80% atlet dilaporkan telah divaksinasi, tetapi vaksin tidak dapat mencegah infeksi 100%.
Komite Penyelenggara Olimpiade Tokyo telah membuat serangkaian kebijakan ketat yang mengatur bagaimana atlet, pelatih, dan staf mereka harus berperilaku untuk meminimalisir risiko penyebaran infeksi dan menyebarkan virus. Meski dengan pengujian yang lebih ketat, infeksi tetap dapat terjadi. Meskipun sekitar 80% atlet dilaporkan telah divaksinasi, tetapi vaksin tidak dapat mencegah infeksi 100%.
Sebelumnya, pihak penyelenggara Olimpiade telah mendeteksi tiga kasus positif di arena Olimpiade, dan setidaknya beberapa lagi di antara atlet yang berlatih di luar tempat penginapan. Kasus positif pertama ditemukan pada anggota Tim USA, yang merupakan pengganti tim senam wanita. Lainnya adalah anggota tim sepak bola pria Afrika Selatan, yang membuat seluruh tim diisolasi dan dilarang berlatih bersama sampai tes berulang di antara mereka menjadi negatif.
Sejumlah strategi untuk menjaga infeksi seminimal mungkin selama beberapa minggu mendatang. Di antaranya dengan mencegah datangnya penonton dan menguji semua orang sesering mungkin. Setiap pelancong dari luar negeri juga diminta untuk meminimalkan perjalanan mereka, 14 hari sebelum penerbangan menuju Tokyo, dan mengikuti langkah-langkah mitigasi, seperti mengenakan masker, menjaga jarak, dan mencuci tangan, terlepas dari apakah mereka divaksinasi atau tidak.
Setibanya di Tokyo, para atlet akan tetap berada di area pelatihan yang telah ditentukan sampai beberapa hari sebelum kompetisi, dan pada saat itu mereka akan pindah ke Desa Olimpiade. Untuk meminimalkan risiko penyebaran virus, atlet akan makan secara bergiliran atau diperbolehkan membawa makanan kembali ke kamar. Sebagian besar atlet akan memiliki satu teman sekamar, dan diminta untuk menghabiskan waktu hanya dengan teman sekamar mereka dan daftar kecil kontak dekat lainnya seperti pelatih mereka saat berada di tempat penginapan.
Setiap atlet juga diharuskan mengunduh aplikasi pelacakan kesehatan dan menjawab pertanyaan harian tentang apakah mereka mengalami gejala terkait Covid-19. Untuk sampai ke tempat latihan atau tempat pertandingan, mereka hanya dapat menggunakan transportasi Olimpiade di mobil atau bus di mana pengemudinya sudah diuji dan dipantau.